Статья посвящена изучению проблем, связанных с управлением так называемыми транзитными доходами в современной российской бюджетной практике. Под «транзитными» доходами понимается категория неналоговых доходов, которые управляются в обход установленных бюджетных процедур, не учитываются в законах о бюджете и отражаются только в казначейских отчетах о его исполнении. В статье подробно рассматриваются наиболее распространенные «транзитные» доходы федерального бюджета - доходы загранучреждений Российской Федерации от разрешенных видов деятельности, а также доходы от возврата неиспользованных остатков субсидий и иных межбюджетных трансфертов, имеющих целевое назначение. Основная проблема «транзитных» доходов заключается в том, что увеличение объемов и расширение сферы их применения приводит к возрастанию рисков, связанных со сбалансированностью и устойчивостью бюджетной системы Российской Федерации. В результате проведенного анализа авторы приходят к выводу, что появление и распространение указанных видов «транзитных» доходов вызвано различными причинами, поэтому универсального способа решения этой проблемы не существует. Анализ современной зарубежной бюджетной практики позволяет определить наиболее подходящие для российских условий варианты решения проблемы «транзитных» доходов. Относительно доходов загранучреждений от разрешенных видов деятельности предлагается законодательно закрепить их особый бюджетный статус и использовать метод планирования бюджетных ассигнований на их финансирование из федерального бюджета на чистой основе (за вычетом планируемых поступлений доходов от разрешенных видов деятельности). Что касается поступления непредусмотренных законом о бюджете неиспользованных средств, то решение этой задачи возможно на основе внедрения нового инструмента исполнения бюджета - плана исполнения бюджета по доходам.