В условиях нарастающего конкурентного давления повышается роль университетов в развитии инноваций как на национальном, так и на региональном уровне. Одновременно происходит сдвиг от доминирующих кооперационных связей «государство - предприятия» в индустриальном обществе к связям «государство - предприятия - университеты» в «обществе знаний». В данной работе анализ дифференциации территории страны по уровню инновационного развития выявил 4 типа региональных инновационных систем (РИС) (инновационное ядро, крепкие бизнес-инноваторы, РИС с высокой долей господдержки, инновационная периферия) и 5 типов университетских округов по роли научно-исследовательской и образовательной функции вузов (ведущие, высоко-, средне-, слаборазвитые и отсталые). Изучение структуры финансирования научно-исследовательской деятельности вузов показывает, что их инновационная активность формируется в значительной мере под влиянием региональной инновационной среды, но также зависит от действия институциональных факторов. На Западе масштабы научно-исследовательской деятельности вузов определяются преимущественно интенсивностью кооперации с бизнесом, а на Востоке, в первую очередь, объемами государственной поддержки научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ.