Руководство Институтом осуществляют Учёный Совет и Директор.

Основные научные подразделения:

• Отдел современных теорий рыночной экономики
• Отдел глобальных экономических проблем и внешнеэкономической политики
• Отдел международных рынков капитала
• Центр энергетических исследований
• Центр промышленных и инвестиционных исследований
• Центр по изучению переходной экономики
• Отдел науки и инноваций
• Сектор прогнозирования мировой экономики
• Центр по исследованию агробизнеса
• Группа анализа ценообразования, инфляции и налогообложения
• Центр международной безопасности
• Отдел международно-политических проблем
• Центр по исследованию проблем мира
• Сектор теории политики
• Центр североамериканских исследований
• Центр европейских исследований
• Отдел европейских политических исследований
• Центр азиатско-тихоокеанских исследований
• Центр проблем развития и модернизации
• Центр сравнительных социально-экономических и социально-политических исследований
• Сектор экономического моделирования
• Сектор "Россия и новые государства Евразии" (редакция журнала)

• Сектор планирования и организации научных исследований
• Отдел международных научных связей
• Отдел Аспирантуры и докторантуры
• Группа администрации Интернет-сайта Института при дирекции